《四部醫典》全書共157章，分總則、論述、秘訣、后論四部分。總則部分共6章，概括地介紹了人體生理、病理、診斷和治療；論述部分共31章，詳細介紹了人體生理解剖、疾病發生的原因、途徑及規律，衛生保健，藥物性能，診斷方法，治療原則等；秘訣部分共92章，專門論述了各種疾病的病理、病因、診斷和治療等，并記述了大量的藥物方劑；后論部分共28章，主要功能敘述了診斷法，藥物的分類、劑型、給藥途徑、功能，外治療法等。