《四部醫典》的理論基礎，歸納起來就是“隆”、“赤巴”、“培根”三大因素貫穿全書。

“隆”從中醫角度來講相當于“風”或“氣”但其含義和功能比風和氣更廣。它的特性是輕、粗、寒、微、硬、動。主要功能是呼吸、肢體活動、精微運轉和分解吸收、血液循環、五官的感覺、大小便排泄等身體的所有運動和思維感覺，根據所在部位和功能的不同，又可分為五種。分別為；

維命隆：音譯"索增隆"。其主位在于頭部大腦中間，主運行于咽喉部和胸部。主要功能是管理人體的吞咽、呼吸、唾液分泌等生理運動和智力功能及五官的生理功能，還維持著人體正常的精神狀態。

上行隆：音譯"前久隆"。其主位在于人體的胸部，主運行于鼻部、舌頭和喉頭部位。主要功能是管理人體的發音、體力功能和膚色以及記憶能力。

遍行隆：音譯"恰啟隆"。其主位在于心臟，運行于全身。主要功能是管理人體的血液循環、四肢活動、眼睛及口唇的閉合等生理功能。

主消化和精微吸收的隆，音譯"米娘隆"。其主位在于人體的胃脘部位，運行于體內的各臟腑器官之間。主管人體的消化機能，負責把食物中的精華和糟粕分離，并促使飲食精微、血液等七大物質基礎的生成。

下泄隆：音譯"吐塞隆"。其主位在于人體肚劑眼以下的下半部位，運行于腸道、膀胱、會陰等及大腿內。主管男性精液分泌、女性經血分泌、大小便排泄、婦女分娩等生理功能。

“赤巴”相當于中醫的“火“，但其含義和作用比“火”更廣。它的特性是膩、銳、熱、輕、臭、泄、濕。主要功能是產生熱能、維持體溫、消化食物、榮潤膚色，立七大物質的顏色，壯膽和生智等。根據體內分部和功能的不同，也分為等五種。分別為；

消化赤巴：音譯"赤巴久杰"。其主位在于胃腸之間，主要功能是消化食物，協助把食物中的精華和糟粕加以分解，產生身體熱能，并促使其他四種“赤巴”的作用機能發揮正常的生理作用。

調色赤巴：音譯"赤巴當覺"。其主位在于人體的肝臟，主要功能是調節血、肉、脂肪等的顏色等。

欲成赤巴：音譯"赤巴朱杰"。其主位在于心臟部位，主要功能是主宰人的精神及意識各種欲望等。

能視赤巴：音譯"赤巴通杰"。其主位在于人的眼睛部位，主要功能是主宰人體的視覺，使人能看到周圍的物體，并辨別其顏色。

明色赤巴：音譯"赤巴朵塞"。其主位在于人的皮膚各層，主要功能是主宰人體的皮膚顏色。

“培根”相當于中醫的“水”或“土”，但其作用與含義也更廣。特性是膩、涼、重、鈍、穩、柔、粘。其主要功能是鞏固身軀、穩定思維、產生睡意和胃液、增強胃腸蠕動、促進食物消化、保持關節間的滑潤并調節體內的水分運轉等。根據分部和作用的不同，也分為五種。分別為；

根基培根：音譯“培根旦杰”。其主位在于胸腔中，主要功能是一切“培根”的作用機能和生理功能運行正常的依附基礎。

消化培根：音譯“培根娘杰”。其主位在于胃的上部，實為“胃液”，主要功能是分解進入胃內的食物，使食物變成粥樣的食糜狀態，促使其進一步消化和吸收。

感味培根：音譯“培根娘杰”。其主位在于舌頭的部位，主要功能是主宰人的味覺功能。

飽足培根：音譯“培根茲木杰”。其主位在于頭部，主要功能是主宰人的知足感、滿意感等心理和精神情緒。

潤滑培根：音譯“培根覺杰”。主要分布于人體各個關節部位，實為分部于各個關節部位的“黃水”，主要功能是潤滑關節主，確保各個關節伸屈活動等活動功能。

藏醫藥學認為，隆、赤巴、培根三者個有其生理功能，但并非彼此孤立，而是彼此有機地密切配合，協調一致，共同完成其生理活動。在正常條件下，三大因素保持平衡，起著主宰支配人體正常生理活動的功能。一旦三大因素失調，則導致人體出現疾病，隨著三者變化的勝衰不一，疾病的類型、部位、輕重安危也隨之不一，此時三大因素又起著病理機質功能的作用。