胚胎學是認識和研究人體從開始形成，發育直至分娩，離開母體這一段時間里的各種現象的科學。藏醫在這方面有著許多精辟的見解和先進的理論，在世界各國傳統醫學中都是首屈一指的。

首先是對胎兒形成這一生理現象的認識。藏醫認為，胎兒是由父親的精與母親的血二者結合而成的，不論是父精，或是母血，只要一方有病，如隆、赤巴、培根 有病，就無法受孕，如精或血的外觀粗糙，顏色、粘稠度異常，氣味不正等，都不會受孕懷胎。在沒有顯微鏡足以觀察到細如精子或卵子的結構時，這種描述不僅是 自然可取的，而且具有十分重要的意義。因為在舊社會，總是把不孕的責任全歸咎于婦女，而藏醫卻明確提出男女雙方有著同樣責任，這是完全符合科學道理的。

早在1000多年前的《四部醫典》中，已經指出人體受孕最合適的日子是在婦女月經來潮后的12天左右，過早過晚，都不易受孕，這一記載，在中國各民族的傳統醫學中，是最為科學而準確的。書中還指出，在月經前這一時間里，婦女很容易感到身體疲乏、困倦，面色也憔悴，乳房脹，腰背小腹等處微感不適或疼痛；而在易于受孕的時間里，女性常有較強烈的性欲，也是容易受孕之時。

藏醫認為，胎兒的形成，還需要正常的“五條件”。所謂“五源”，是指土、水、火、風、空。無獨有偶，漢族中醫也認為，胎兒形成后，逐漸發育，“四月而水受之，五月而火受之，六月而金受之，七月而木受之，八月而土受之”，二者不謀而合，只是藏醫的“五源”與中醫的“五行”稍有不同，中醫的土，是發育的土地，而藏醫的“空”，是胎兒發育的空間，意義上都相差不遠，也都認為，這五種必須同時具備，缺一不可，而且五者應互相協調，胎兒才能正常發育。

中國有句古話，叫"十月懷胎，一朝分娩"。中醫對胎兒發育的認識，也都以十個月為準，逐月敘述胎兒發育的情況，但藏醫的認識則更為詳細，它是以周日的時間為單位來認識和觀察人體胎兒發育過程的，胎兒從形成到成熟分娩，需要38周的時間，即第1周：父精和母血融合，其狀正如在牛乳里滴入乳酪酵母，使其得到發育的動力，并且非常融洽；第2周：胎珠狀如乳液凝成的膠狀物；第3周：狀如凝結的乳酪或酸奶；第4周：質地比較堅固的團狀物，有的是圓形，有的呈橢圓形，并開始分化出男女的不同性別；第5周：臍帶開始形成，與母體相連；第6周：與臍帶相平衡，形成了一條命脈，使胎兒獲得更快發育等等每周的發育過程作了詳細的描述。反映了人類的胎體從受精卵開始逐漸發育的科學事實。

藏醫胚胎學的胚胎發育的過程還體現了動物發育過程的幾個重要階段，即藏醫學把胚胎發育的過程描述為魚期（相當于水生動物）、龜期（相當于爬行動物）和豬期（相當于哺乳期動物）三個不同階段，這與現代科學研究證明一切脊椎動物都起自水棲的的祖先和經過魚綱、爬行綱、哺乳綱而后進化為人類的順序相一致。在當時的歷史條件下，能夠認識并提出胚胎過程的這三個重要階段，是胚胎學上的一個重大貢獻。