藏醫學有自己的疾病病因觀和分類方法，與其它醫學不盡相同。藏醫理論認為一切疾病的發生原因有內因和外因兩個方面。內因即為發病的總因，認為人由于產生貪欲、嗔恕、癡愚三毒，可導致體內“隆、赤巴、培根”三者的平衡失調而導致疾病。關于三大因素病理方面的作用；內因是三大因素的失調，平衡遭到破壞；外因是生活不當，起居不適，邪魔作崇。內因與外因有機地聯系著，互為因果關系。因此，三大因素在疾病的發生中占有主導作用，“隆、赤巴、培根”三者任何一種因素的功能失調，都可以使平衡失調而導致疾病的發生。如過度服用苦味藥或進食苦味食物，饑餓時暴食，工作過度疲乏，房事過度，悲傷至極，流血過多等都可引起龍隆；過食味辛，性熱、銳、膩之食物，在烈日下曝曬過久，過度勞累，奮力過猛，外力（被棍棒、石塊所擊或摔跌）損傷，飲酒過度等均可引起赤巴病；過服味甘，性涼之食物，飽食靜坐，在陰濕處睡覺、暴食高脂肪食物等均可導致培根病。從患病部位講：髖骼、腰骶、骨骼、關節、耳部是龍病易患之處；胃脘、肚臍、血液、汗腺眼部、皮膚等處是赤巴病易患之處；胸、喉、肺、鼻、胰贓、腎臟、膀胱、舌、脂肪、骨髓等處是培根病易患處。從時令季節看：隆病多發生在夏天；赤巴病發生在秋季；培根病多發生在春季。從氣候環境講：嚴寒酷冷易發生隆病；過于炎熱干燥易發生赤巴病；過于潮濕陰暗易發生培根病。從體型分：隆型人和老人易患龍病；赤巴型的人和青年易患赤巴病；培根型的人和小孩易患培根病。隆型人的特點是身體消瘦，面色灰黃，怕寒冷、脾氣暴躁、愛搏斗、喜射擊，常和人爭吵，喜食酸、苦、辛、之食物，赤巴型的人其特點是身體常有狐臭、多汗，易肌渴、面色發黃、個性倔犟、自負傲慢。培根型的人其特點是身體肥胖，臉色發白，怕冷，嗜睡，性情溫和。體型一方面表現生理特點，另一方面又與疾病發生有一定的關系。

外因包括一般病因和特殊病因。一般病因包括季節（天氣變化和環境）因素，飲食起居欠適，中毒（包括病毒感染等，而不僅僅是單純的中毒）以及前史罪孽等。特殊病因包括饑餓、失眠、空腹運動過度、長期營養不良、暴怒以及飲食因素等。